Il Monastero dei Benedettini fu fondato nel 1558. L'impianto originario ha subito diverse modifiche e ricostruzioni a causa dei distruttivi eventi naturali che nel 1669 e nel 1693 sconvolsero Catania e distrussero buona parte dell'edificio. 

La ricostruzione - iniziata nel 1702 - vide all'opera i maggiori architetti siciliani - Ittar, Battaglia, Battaglia Santangelo, Palazzotto - e quel Giovan Battista Vaccarini che firmerà molte delle opere più significative del barocco siciliano settecentesco. 

Al Monastero si aggiungono un nuovo Chiostro, il giardino, il Caffeaos e gli spazi destinati alla vita diurna e collettiva dei monaci: la biblioteca, le cucine, l’ala del noviziato, i refettori, il coro di notte. 

La chiesa di San Nicolò l’Arena, annessa al nuovo plesso monastico resterà  incompiuta nel prospetto principale. Il Monastero diviene così uno dei conventi più grandi d’Europa.

Nel 1866  il Monastero dei Benedettini viene confiscato passando al demanio regio, per poi essere affidato al Comune di Catania. Nel 1977 il Comune lo ha donato all’Università degli Studi di Catania che ne ha fatto la sede della storica Facoltà di Lettere e Filosofia.

Dopo la ristrutturazione ad opera dell’architetto Giancarlo De Carlo, il Monastero  è stato riconosciuto dalla Regione Siciliana quale Opera di Architettura Contemporanea. Durante i lavori sono venuti alla luce i resti della città romana: un intero quartiere romano, disegnato dagli assi viari Cardum e Decumanus Maximus e dalla presenza di domus di età tardo ellenistica e di epoca imperiale. Gli scavi sono visibili nel cortile principale e sotto il plesso delle ex scuderie.